微生物由于結構簡單、繁殖快等特點，因此，它們在地球上分布遠比動植物要廣泛得多。

1.微生物在土壤中的分布：
土壤是微生物生活的最適環(huán)境。在土壤中分布著形形色色的微生物類群。

　　土壤具有微生物生命活動所必需的一切營養(yǎng)物質和適宜的生活條件， 土壤中的水分是一種濃度很稀的鹽類溶液，其中含有各種有機和無機氮素及各種鹽類、微量元素、維生素等，類似于常用的液體培養(yǎng)基。土壤大多是中性偏堿，適宜于大多數(shù)微生物生長，土壤中還含有氣體，主要是CO2、O2和N2。大部分地區(qū)土壤溫度的變化在0-30℃之間，并且在一年的大部分時間內(nèi)其溫度變化在10-25℃，為微生物的生長繁殖提供了有利條件。 土壤中含有大量固形有機物和礦質元素，是微生物的營養(yǎng)庫。

　　土壤中微生物可以分為如下幾類：

①細菌：占土壤微生物總數(shù)的70�90%，多數(shù)為腐生菌，少數(shù)是自養(yǎng)菌。

②放線菌：占土壤中微生物含量的5�30%，是一類異好氧菌。

③霉菌：主要生活在靠近地面的土壤中，在通氣良好的土壤中，霉菌數(shù)量很多。

④酵母菌：普通作土中酵母菌含量很少。

另外，作土中還分布有許多藻類及原生生物等。

2.微生物在水中的分布

　　水具有微生物生命活動適宜的溫度、PH、氧氣等。因此，水中生長著眾多的微生物類群，它們主要來源土壤、空氣、動植物尸體、人和動物的排瀉物、工業(yè)及生活污水。

　　水中存在的微生物90%為革蘭氏陰性菌，主要有弧菌、假單胞菌、黃桿菌等。鞘細菌及有柄附生細菌也常見于水體中。 微生物在水體中表現(xiàn)為水平分布和垂直分布的規(guī)律。此外，相同水域的不同濃度微生物的含量及分布也不同。

　　通過水體傳播的病原微生物主要有沙門氏菌屬、志賀氏菌屬、霍亂弧菌等。因此，做好水的衛(wèi)生學檢查至關重要。

　　3.微生物在空氣中的分布:

　　空氣本身缺乏微生物生活所必需的營養(yǎng)物，日光對微生物也具有很強的殺菌作用，另外空氣一般是干燥的，因此空氣不是微生物生活的良好環(huán)境。

　　空氣中的微生物主要來源于帶有微生物菌體及孢子的灰塵，這類微生物大多數(shù)是腐生性的，還來源于人和動物，它們大多數(shù)是通過呼吸道排出的，其中也包含有病原微生物，懸浮在大氣中。

　　空氣中微生物的分布隨環(huán)境條件及微生物的抵抗力不同而呈現(xiàn)不同的分布規(guī)律。空氣中存在較多的、存活時間較長的是各種真菌、放線菌的孢子及細菌芽胞。空氣中微生物的數(shù)目決定于塵埃的總量。