天平稱量不準確、計算稱量錯誤導致配制培養基的濃度不正確，都有可能導致岀現部分沉淀。

 

多數培養基的制備需要使用純化水、去離子水配制，而天然水中含有含有較多的礦物鹽離子，若錯誤的使用了自來水，礦泉水配制，或使用的純化水離子未除凈，都有可能導致培養基滅菌后岀現渾濁現象或沉淀（磷酸鹽含量高的培養基更易出現此類問題。

 

偏酸或偏堿的pH有可能使培養基中的部分金屬離子產生沉淀。

 

新開封的容器或容器清洗不干凈，內壁留有雜質，都會導致滅菌后的培養基中有雜質出現。

 

培養基配方中無機鹽成分較多，或培養基本身含有不溶性成分，滅菌后會有沉淀存在，此為正常現象，不影響使用。例如MC、TTB、BS等，配方中含有不溶物，滅菌后有沉淀。

 

培養基滅菌前應充分攪拌熱至完全溶解，方可進行滅菌。若滅菌前未將培養基溶解完全就進行滅菌處理，滅菌后易出現絮狀或團塊狀沉淀，如 Fraser培養基含有大量磷酸鹽，若滅菌前未進行充分溶解，滅菌過程中磷酸鹽易結成塊滅菌后不溶解。

 

含有不耐熱成分的培養基，若滅菌過度或加熱過度，都有可能導致滅菌后的培養基顏色不正確或岀現沉淀。如亞硒酸氫鈉胱氨酸増菌液(SC)，正常制備好的培養基應為淡黃色透明液體，澄凊無沉淀，若加熱過度則培養基中亞硒酸氫鈉分最終制備的培養基會出現紅色沉淀。

 

卵黃、血液等對溫度敏感的添加成分，若加入時溫度過高或溫差過大，易岀現凝塊或絮狀沉淀。