任何形式的組織結構均有其優點和缺點，作為小微型檢驗檢測機構，通常采用的是直線職能制，由最高管理者直接領導技術負責人、質量負責人及各部門負責人，同時，技術運作的職能由技術負責人承擔，質量管理的職能由質量負責人承擔，各部門負責人承擔本部門的管理職能。

直線制組織結構有其較為明顯的優缺點。主要優點：1)結構簡單、責任明確、決策迅速、命令統一；2）最高管理者對全部工作可行使決策權、指揮權和監督權，有利于提高工作效率；3)上下級關系明晰，組織中的每一個人只對直接上級負責或報告工作，減少了相互協調。主要缺點：1）權力高度集中，獨斷專行，組織發展會受到個人能力限制；2）對最高管理者較為依賴，不便于人才培養和調動員工積極性。

在組織結構設計時，應充分地發揮其優點，但也應該有意識地克服其缺點。
（1）職能職責要清晰。職能，各部門承擔的特定的工作類型，職能分配要合理。職責，就是個人應承擔的工作任務和責任，應清晰界定。兩者都應明確清晰，不能含糊不清，需要在《質量手冊》中予以闡明。
（2）權力授權要合理。內部能不能順暢運行，授權很重要。檢驗檢測機構授權，主要是對技術負責人和質量負責人的授權，各自應有相應的決策權，可減輕最高管理者的工作量，運行也會更順暢。
（3）相互關系要明確，上下級隸屬關系，平級之間協調關系都應設計、明確好，盡量減少模糊地帶。在組織內部，每個人都應有一個正規的溝通渠道，避免相互交叉和重疊。