對于轉基因植物作為食品時的安全性問題，國際經濟互助開發組織(OECD)制定了關于各國進行轉基因技術利用指南。該指南認為，如果導入基因產生的蛋白質經確認是安全的，或者是轉基因作物和原作物在成分、形態、生態上沒有特殊的變化的話，就可以認為轉基因作物在安全性上和原作物是同等的，即“實質等同性(SE)”原則。?
        再次，標志基因的擴散問題。一般說來，DNA的攝取量很低，很快在胃和腸內被消化。因此，轉基因操作標識用的抗卡那霉素基因也不可能進入人體細胞。另外，抗卡那霉素基因向腸內細菌轉移的概率也是極其低的，約10-17。再說，我們每天攝入體內的抗卡那霉素微生物約有1.2×106個。此外，人們還擔心人類從前沒有食用過轉基因食物而引起蛋白質過敏反應。但用動物進行的急性、亞急性實驗表明，即使攝取量相當于人日常攝取量的1500倍到50萬倍也沒有危害。