芝麻貯藏芝麻籽粒較小，含油量高，加之除雜較難，極易吸濕發熱，酸敗變質。因此，貯藏芝麻應嚴格控制水、雜含量。實踐證明，散裝芝麻水分在7.5％以下，雜質不超過1％，一般可以安全貯藏。水分在7.5％～8％，雖在冬季，也只能短期貯藏。水分、雜質含量在安全標準以內的芝麻，以采取散裝密閉為宜。密閉貯藏的芝麻，品質變化很小，出油率比通風貯藏的芝麻為高。