雞曲霉菌病又稱為真菌性肺炎，是由煙曲霉菌和黃曲霉菌引起雛雞的以侵害呼吸器官為主的真菌病。其特征為肺和氣囊發生炎癥并形成真菌小結節。1周齡-4周齡幼雛多呈急性暴發，發病率和病死率高，而成年雞多為散發，呈慢性經過。本病嚴重危害幼雛，尤其對雛火雞可造成較大經濟損失。

雞曲霉菌病的病理變化與不同菌株、不同禽種、病情嚴重程度和病程長短有差異，一般而言，主要見于肺和氣囊的變化。

肺在肺臟上出現典型的霉菌結節，從粟粒到小米粒、綠豆大小不等，結節呈灰白色、黃白色或淡黃色，散在或均勻地分布在整個肺臟組織，結節被暗紅色浸潤帶所包圍，稍柔軟，有彈性，切開時內容物呈干酪樣，似有層狀結構，有少數可互相融合成稍大的團塊。肺的其余部分則正常。肺上有多個結節時，可使肺組織質地變硬，彈性消失。時間較長時，可形成鈣化的結節。

氣囊最初可見氣囊壁點狀或局灶性渾濁，后氣囊膜渾濁、變厚，或見炎性滲出物覆蓋；氣囊膜上有數量和大小不一的霉菌結節，有時可見較肥厚隆起的霉菌斑。作者曾見到氣囊上的菌斑約貳分硬幣大小，呈圓形、隆起，中心稍凹陷似碟狀，呈煙綠色或深褐色，用手撥動時，可見粉狀物飛揚。

腹腔漿膜腹腔漿膜上的霉菌結節或霉菌斑與氣囊上所見大致相似。

其他病灶如皮下、肌肉、氣管、支氣管、消化道、心臟、內臟器官和神經系統也可能見到某些病變。鵪鶉胸前皮下和胸肌內有大小不等的圓形或橢圓形腫塊。雛雞右大腦回見有粟粒大小的霉菌結節。煙曲霉引起神經癥狀的6只雛鵝腦部病變，大小腦輕度水腫，表面針尖大小出血，有黃豆大淡黃色壞死灶。周興國等報道由黃曲霉毒素引起鴨的肝臟病變，肝巨塊型占11%，肝腫大2倍-3倍，有結節組成的腫瘤狀病變，結節型占59%，彌散型占32%。

病理組織學檢查，也可見到肺、氣囊及某些器官的霉菌結節病變，肉芽腫形成，多核巨細胞、淋巴細胞、異嗜細胞浸潤灶。