一是支原體侵害雞的呼吸道上皮黏膜細胞，其他病原如馬立克、禽流感病毒等可直接侵入雞呼吸道內進行繁殖，當機體抵抗力下降時（抗體效價接近臨界值后）雞即開始發病。

二是支原體感染后破壞了呼吸道的上皮黏膜組織，環境中的大腸桿菌會經過氣囊和血液循環逐漸發展到全身，造成大腸桿菌病的暴發。所以一旦發生支原體感染同時會繼發大腸桿菌病，應加強圈舍的清潔衛生。

三是雛雞早期免疫，呼吸道免疫由于免疫受體是呼吸道上皮細胞，感染支原體后呼吸道黏膜的完整性就會遭到破壞，首免的免疫效果較差，加上基礎免疫效價本來就很低，抵抗不了病毒的入侵，易造成免疫失敗，即出現多種疾病的混合感染。

四是雞群潛在的免疫抑制病也是加重呼吸道系統病的一個重要因素，如馬立克氏病、淋巴白血病、傳染性法氏囊病等，另外，傳染性法氏囊病本身就是免疫器官病，受到侵害或由于過早使用強毒株疫苗，破壞了法氏囊的免疫功能后，使其他免疫也受到了抑制，提高了呼吸系統疾病的發病率。

五是在免疫活疫苗后，由于免疫本身就是模擬疾病輕微的發病過程，所以會帶來或高或低的免疫反應。如商品肉雞一般在14日齡時接種傳染性法氏囊病疫苗，免疫后會出現輕微的傳染性法氏囊病的癥狀和呼吸道癥狀，蛋雞在小日齡過早接種傳染性喉氣管疫苗后，就會引發傳染性喉氣管炎的發生，所以疫苗本身就可以增加呼吸道病的病情。