藥物防治魚病過程中，常常發生效果不佳，甚至出現魚病更嚴重導致死亡的現象，這是為什么呢？究其原因，其主要有以下幾種情況：

藥物失效防治魚病用的藥，特別是漂白粉易受潮失效，故漂白粉要用干燥粉末，生石灰要用塊灰。平時藥物要按規定妥善保管，并在保質期內使用。

拮抗作用當兩種以上性質不同的漁藥混用時，藥物間會產生反應，降低效果。例如，敵百蟲遇堿即分解，不能與生石灰等堿性物質混用。

水質過肥有些藥物如硫酸銅，按常規用量使用時，會與水質中的豐富有機物或礦物質等發生反應而被消耗，降低防治效果。

溫度有些藥物的藥效受溫度的影響很大，在不同溫度藥效差別很大，如硫酸銅在高溫時毒性特別強（溶解水溫時不能超過60℃)。

抗藥性導致魚病的蟲、菌對長期藥物的襲擊產生抗藥反應，尤其是同一種藥物如果反復使用，抗藥性增強更明顯。輪換用藥是解決抗藥性簡單而又有效的辦法。

用藥量不足計算水體體積不準和稱藥量不夠，這種現象全池潑灑時常出現，因為藥量不足，池水達不到一定藥物濃度，防治效果不佳。所以不規則魚池體積測量計算一定要準確。

溶解不完全潑灑藥物前要按要求用開水、溫水或冷水充分溶解，潑灑的藥物不能有顆粒或塊狀，以防藥物沒有充分溶解，水體依然達不到規定濃度，或藥物顆粒被魚誤食而致死。如生石灰要化漿潑灑，漂白粉不宜干灑。溶解藥要注意水溫，如溶解硫酸銅水溫不能超過60℃，溶解殺蟲中草藥要求溫度在60℃～100℃。

潑灑不均勻防治魚病時藥物遍灑要均勻，尤其是邊角容易被疏忽，造成用藥不到的區域殺菌、殺蟲不徹底，使魚病復發。

沒有對癥下藥盲目投藥而不對癥下藥是防治魚病的大忌。這樣既達不到防治病害的目的，又造成經濟浪費，甚至還會起副作用。

用藥療程不足有的魚病一個療程并不一定能達到滿意的效果，而要使用二個或三個甚至更多療程，這要看病情的嚴重性和病情的長短。如果療程不足，殺滅病蟲害不徹底，就會出現治愈率低或該病再復發的現象。

用藥過量與用藥不足相反，用藥量過多，超出魚類忍受限度，反而會造成大量死亡。

魚類本身患不易治愈的疾病有些魚病，如草魚出血病，一旦發生，目前尚無特效治療藥物，采用常規藥物治療也不能收到令人滿意的效果。因此，這類魚病更要以預防為主。如孢子蟲，到形成泡囊時，用藥很難奏效。用錯藥例如，用硫酸銅或硫酸銅和硫酸亞鐵合劑治療小瓜蟲病，魚病不僅不會減輕，反而會使蟲體形成孢囊，增強蟲體的抵抗力，魚病會更嚴重。