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漁藥的使用應以不危害人類健康和不破壞水域生態環境為基本原則，盡量減少使用；嚴格遵守國家有關部門的規定，嚴禁生產、銷售和使用未取得生產許可證、批準文號和沒有生產執行標準的漁藥；病害發生時，應對癥用藥，防止濫用漁藥與盲目增大用量或增加用藥次數、延長用藥時間等行為的發生；水產飼料中不得使用國家禁止使用的藥物或添加劑，也不得在飼料中長期添加抗菌藥物。
嚴禁使用高毒、高殘留或具有三致毒性（致癌、致畸、致突變）的漁藥。嚴禁使用對水域環境有嚴重破壞而又難以修復的漁藥，嚴禁直接向養殖水域潑灑抗菌素，嚴禁將新近開發的人用藥作為漁藥的主要或次要成分。
禁用的漁藥：地蟲硫磷（大風雷）、六六六、林丹（丙體六六六）、毒殺芬（氯化莰烯）、滴滴涕、甘汞、硝酸亞汞、醋酸汞、呋喃丹（克百威、大扶農）、殺蟲脒（克死螨）、雙甲脒（二甲苯胺脒）、氟氯氰菊酯（百樹菊酯、百樹得）、氟氰戊菊酯（保好江烏、氟氰菊酯）、五氯酚鈉、孔雀石綠（堿性綠、鹽基塊綠、孔雀綠）、錐蟲胂胺、酒石酸銻鉀、磺胺噻唑（消治龍）、磺胺脒（磺胺胍）、呋喃西林（呋喃新）、呋喃唑酮（痢特靈）、呋喃那斯（P-138）、氯霉素（包括其鹽、酯及制劑）、桿菌肽鋅（枯草菌肽）、泰樂菌素、阿伏帕星、喹乙醇（喹酰胺醇羥乙喹氧）、速達肥（苯硫噠唑氨甲基甲酯）、已烯雌酚（乙烯雌酚、人造求偶素，包括雌二醇等其他類似合成等雌性激素）、甲基睪丸酮（甲睪酮、甲基睪酮，包括丙酸睪丸素、去氫甲睪酮以及同化物等雄性激素）。
使用漁藥，在收獲季節前要遵守休藥期的規定，確保上市水產品的藥物殘留量符合國家相關規定。如漂白粉休藥期≥5天，三氯異氰尿酸休藥期≥10天，土霉素休藥期（鰻鱺)≥5天、（鯰魚）≥21天，新諾明、新明磺休藥期≥30天，氟苯尼考休藥期（鰻鱺）≥7天，二氯異氰尿酸鈉≥10天，二氧化氯≥10天。
