果園施用生物菌肥，一方面能提高肥料的利用率，減少投資成本；另一方面能改善土壤團粒結構，增強土壤微生物有益菌數和活性，提高土壤蓄水保墑能力，給果樹根系生長創造良好的環境，使果樹健壯生長，抗逆性增強。

在果園施肥中，有些果農不會合理施用生物菌肥，覺得效果不明顯，失去用肥的信心。現提出在施用中應注意的兩方面問題：一是在施用生物菌肥的溝或穴，嚴禁用未腐熟的人、畜糞等水肥物直接澆灌；盡量不要把生物菌肥與速效氮肥如尿素、碳酸氫銨混配施用，以免殺傷生物菌，降低肥效。二是在墑情尚好，且溫度較適宜時使用。溫度低于5℃時，生物菌肥與有機肥和大量元素肥復合肥配施，能發揮最大的效能。