優良的草菇菌種，以草料培養基制種過冬(10～15℃)。越冬之后，提前栽培證明是優質高產者。再用組織分離法得到母種(一級種)，繼續擴大培養，供應當年生產使用。

菇農在選購草菇菌種時應注意下列幾點：

1.草菇菌絲為透明狀，銀灰色，分布均勻，菌絲較為稀疏，有紅褐色的厚垣孢子為正常的菌種。草菇母種、原種、栽培種。如厚垣孢子較多，一般來說，出菇后子實體較小；反之，子實體則較大。

2.若銀灰色草菇菌絲間摻雜有潔白線狀菌絲，隨后出現魚卵狀顆粒，久之成黃棕色，則可能混有小菌核雜菌；若瓶內菌絲過分濃密、潔白，也可能是混有雜菌，都應淘汰。

3.如果菌瓶內菌絲逐漸消失，出現螨食斑塊，說明染有螨蟲，應淘汰。

4.瓶內菌絲已萎縮，出現水漬狀液體，有腥臭味者不能使用。

5.草菇栽培種的菌齡以18天左右為宜，超過30天的最好不使用。