油菜種子吸濕性強，很容易吸濕回潮。通氣性差，容易發熱，種子密度較大，不易向外散熱、散濕。含油量多，易酸敗，尤其在高溫高濕度情況下，種子發芽率隨著貯藏期的延長而逐漸下降。

根據油菜種子的儲藏特點，生產、貯藏時需要掌握一些細節要點。
　　
　　適時收獲，及時干操。油菜種子收獲以角果有70%-80%呈現黃色時為宜。太早嫩籽多，水分高，不易脫粒，內容欠充實，較難貯藏。太遲則角果容易爆裂，籽粒散落，造成損失。脫粒后要及時干燥，曬干后須經攤晾冷卻才可進倉，以防種子堆內溫度過高，發生干熱現象（即油菜種子因悶熱而引起脂肪分解）。
　　
　　清除泥沙雜質。泥沙雜質多時，使種子堆的孔隙度變小，妨礙散熱、散濕。因此，油菜種子入庫前，應風選一次，清除塵芥雜質及病菌。
　　
　　嚴格控制入庫水分。我省大多數地區一般貯藏時水分控制在9%-10%以內即可，但如果當地特別高溫多濕以及倉庫條件較差，最好能將水分控制在8%-9%以內。
　　
　　低溫貯藏。夏季不宜超過28-30℃，春秋季不宜超過13-15℃，冬季不宜超過6-8℃。種溫與倉溫相差如超過3-5℃就應采取措施，進行通風降溫。
　　
　　合理堆放。散裝的種子可將表面耙成波浪形或鍋底形。袋裝時，應盡可能堆成各種通風垛，如工字型、井字形等。
　　
　　加強管理勤檢查。貯藏期間需勤加檢查，一般在4-10月份，對水分在9%-12%的油菜種子應每天檢查2次，水分在9%以下的，可隔天檢查一次。