玉米制種田的苗期管理不同于大田玉米。親本種子比一般大田雜交玉米的種子自身生活力相對較弱，必須進行精細管理才能獲得制種成功。苗期田間管理的中心任務是蹲苗促壯,培育壯苗、勻苗，達到苗全、苗色正、墩實、粗壯，使父母本正常生長,為花期良好相遇打下基礎。

玉米制種田苗期管理的主要技術措施：

及時查苗、放苗、封洞，防止高溫燒苗。制種田的缺苗一般不提倡補苗，因為補苗往往趕不上正常播種的苗，容易造成大苗欺小苗，生長不整齊，尤其會造成去雄不徹底現象，增加后期管理難度。如缺苗斷壟較多，母本缺苗的切不可用其他玉米種子補種或補苗，也不能用原母本補種；父本缺苗的，可用原父本盡早補種（補種前可提前浸種）。

今年春季氣溫低、地溫低，為促進根系下扎和幼苗生長，要多中耕、勤中耕，一般2-3次，最后一次中耕要結合培土進行，起到疏松土壤、提高地溫、促進根系下扎，培育壯苗的作用。

早間、定苗。玉米制種田一般在3-4片真葉時間定苗。間苗是田間去雜去劣的第一個過程，定苗前根據雙親特性如葉色濃淡、葉形寬窄、葉鞘顏色、生長勢強弱等特征拔除雜苗，但不能傷著苗。間苗時母本苗要留均勻一致的壯苗，父本留大、中、小苗，延長父本散粉時間。

防治苗期病蟲害。播前經過包衣劑處理的種子一般不發生病蟲害或發生較輕。玉米苗期蟲害主要有地老虎和金針蟲。要做好病蟲害測報工作，一旦發現就要及時防治。

蹲苗。根據墑情進行蹲苗，干播濕出的地塊如墑情較好不要再滴水，一般蹲苗45-50天，掌握“蹲黑不蹲黃、蹲肥不蹲瘦”的原則，但一般比大田進頭水稍早，不能受旱。