農業防治選擇地勢高燥，排灌方便的地塊種瓜。土地應深翻，促使50厘米深的土壤疏松通透，促進根系生長發育，提高抗病力；避免連作，與非瓜類作物進行輪作換茬，降低發病率；施用腐熟好的有機肥，適當增施磷、鉀肥，控制氮肥用量；清潔田園，將病株殘體集中于田外燒毀；采用無病的大田土育苗，防止幼苗感染；發病嚴重的地塊，可用抗病的葫蘆做砧木嫁接育苗。

    物理防治將干西瓜種子，在70℃恒溫箱中處理72小時；用55℃溫水浸種20～30分鐘。

    藥劑防治選用40％的甲醛150倍液浸種1～2小時后洗凈晾干播種，或50％的多菌靈可濕性粉劑用50℃～60℃溫水配制成1000倍液浸種30～40分鐘，洗凈后催芽播種。藥劑處理土壤，用50％的多菌靈可濕性粉劑每畝3～5公斤，拌土200公斤，均勻蓋種或施于定植穴內；發病初期用50％的多菌靈可濕性粉劑500倍液，或2％的農抗120水劑200倍液灌根，每株0.25～0.5公斤，防治1～3次。