土壤是蔬菜的根系環境，也是多種病原菌的越冬場所。在正常情況下，土壤中的病原菌和大量的有益微生物保持一定的平衡。棚室栽培的蔬菜種類比較單一，栽培面積有限，輪作倒茬困難，連作不可避免。由于蔬菜根系分泌物和病根殘體在土壤中逐漸積累，使土壤微生物逐漸失去平衡，病原菌數量不斷增加，誘使病害發生。棚室土壤比露地土壤受光照少，溫度和濕度較高，病原菌增殖迅速，生產中又缺乏抗病品種，土傳病害隨連作年限增加而加重，如新建棚室發生瓜類枯萎病后若不及時采取有效防治措施，一般從零星病株到普遍發病只需4～5年時間。在大型連作溫室中，果菜類根結線蟲病只需3～4年，病株率就可達100%，減產50%以上，嚴重威脅多種蔬菜生產。

多種病原菌隨病殘體在土壤中越冬，成為翌年的初浸染源，是蔬菜病害發生流行的重要環節。露地環境條件下病菌死亡率高，在蔬菜生長季節才能浸染，發病遲，危害輕，有的病害只在局部地區季節性流行。但在棚室栽培條件下，病菌既可安全越冬，又能周年發生，已成為發展棚室蔬菜生產的大敵。如瓜類蔬菜炭疽病、細菌性角斑病、蔓枯病，黃瓜、辣椒、韭菜疫病，番茄早疫病、葉霉病，豇豆和菜豆銹病，芹菜斑枯病，多種蔬菜菌核病、草莓灰霉病、草莓白粉病等。此外，引起菜苗猝倒病、立枯病的病菌，既能在土壤中越冬，又能營腐生生活，故常在老育苗地的苗床上嚴重發生，甚至毀苗，延誤農時。

地下害蟲如螻蛄、地老虎等，也因棚室和苗床土壤溫暖、潮濕、疏松肥沃而發生早、數量多、危害重。