防返潮變質如碳酸氫銨易吸濕，造成氮揮發損失；硝酸銨吸濕性很強，易結塊、潮解；石灰氮和過磷酸鈣吸濕后易結塊，影響施用效果。因此，這些化肥應存放在干燥、陰涼處，尤其碳酸氫銨貯存時包裝要密封牢固，避免與空氣接觸。

防火避日曬氮素化肥經日曬或遇高溫后，氮的揮發損失會加快；硝酸銨遇高溫會分解氧化，遇火會燃燒，已結塊的切勿用鐵錘重擊，以防爆炸。氮素化肥貯存時應避免日曬、嚴禁煙火。

防揮發損失氨水、碳酸氫銨極易揮發損失，貯存時要密封。氮素化肥、過磷酸鈣嚴禁與堿性物質（石灰、草木灰等）混合堆放，以防氮素化肥揮發損失和降低磷肥的肥效。

防腐蝕毒害過磷酸鈣具有腐蝕性，防止與皮膚、金屬器具接觸；氨水對銅、鐵有強烈腐蝕性，宜貯存于陶瓷、塑料、木制容器中。此外，化肥不能與種子堆放在一起，也不要用化肥袋裝種子，以免影響種子發芽。