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不選有腐蝕性作用的肥料 碳酸氫銨、氨水具有揮發性和腐蝕性，易熏傷種子和幼苗，過磷酸鈣含有游離態的硫酸和磷酸，對種子發芽和幼苗生長會造成傷害，一般不宜做種肥。可將這類肥料施在播種溝之下或與種子相隔一定的土層，或將過磷酸鈣與土雜肥混合施用。
不選有毒害作用的肥料 尿素中常含有少量的縮二脲成分，對種子和幼苗有毒害作用。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，使蛋白質變性，影響種子發芽。
不選含有害離子的肥料 氯化鉀、氯化銨等化肥含有氯離子，施入土壤后會產生水溶性氯化物，對種子發芽和幼苗生長不利。硝酸銨、硝酸鉀等肥料所含的硝酸根離子，對種子發芽也有影響。
不選強堿性化肥 窯灰鉀肥、鋼渣磷肥等強堿性肥料也不宜做種肥。窯灰鉀肥吸濕性強，吸水后放出大量熱量，易燒壞種子和幼根。須作種肥時，必須與有機肥混合，施入播種溝穴內，再播種覆土。
不選未腐熟的農家肥 農村常用廄肥、人糞尿水等做種肥，如果未腐熟，在發酵過程中釋放大量熱能易燒根系，釋放氨氣灼傷幼苗。所以未腐熟的有機肥不要施用，經過堆漚高溫發酵，充分腐熟后才能做種肥。
