藥膳的主要原料之一是中藥。目前臨床應用的5 000多種常用中藥中，有五百余種可作為藥膳原料。如冬蟲夏草、人參、當歸、天麻、杜仲、枸杞子等。這些藥物在與食物配伍、炮制和應用時都需要遵循中醫理論，使它們之間的作用互相補充、協調，否則就會出現差錯或影響效果。因此，中國傳統醫學對藥膳應用有嚴格的禁忌。
藥膳的藥物配伍禁忌，遵循中藥本草學理論，一般參考“十八反”和“十九畏”。“十八反”的具體內容是：甘草反甘遂、大戟、海藻、芫花；烏頭反貝母、瓜蔞、半夏、白蘞、白芨；藜蘆反人參、沙參、丹參、玄參、苦參、細辛、芍藥。“十九畏”的具體內容是：硫磺畏樸硝，水銀畏砒霜，狼毒畏密陀僧，巴豆畏牽牛，丁香畏郁金，川烏、草烏畏犀角，牙硝畏三棱，官桂畏赤石脂，人參畏五靈脂。
以上配伍禁忌，可作為用藥參考，但非絕對如此。在古今配方應用中也有一些反畏同用的，如黨參與五靈脂同用可以補脾胃、止疼痛，這些必須要在有經驗的臨床醫師的指導下應用。