文昌魚的血管系，是閉鎖血管系。腹大動脈在咽頭側面向左右發出多數分支進入鰓裂間的鰓桁中，再集合形成背大動脈，向后行分布于全身，其大部分形成主靜脈，沿腹面前進。背大動脈的一支分布于消化管之后，再集合形成肝門靜脈入肝，經肝靜脈與主靜脈匯合入腹大靜脈。與環節動物型循環系的主要不同點是背腹大血管中的血流方向完全相反和伴隨肝臟的出現而有肝門脈系存在。在這個型中沒有在鰓呼吸型循環系中及肺呼吸型循環系中所見的腎門脈。