將屬于各系統、各族系的生物所表現的體制以及器官形態加以比較而賦予體系的形態學的一個分支學科。是比較形態學的主要分支學科，對具有多樣性特點的生物來說，進行比較觀察是不可缺少的，可以追溯到古代。根據多數事實形成基本概念從而形成獨立的學科是在十八世紀以后。創始期的學者可以列舉如FeliX Vicq d’ Azyr（1748-1795）居維葉、杰弗里圣希萊爾（G．L．Cuvier， E．Geoffroy Saint-Hilaire）等一些人的名字，以后發展成所謂純形態學或觀念論形態學的流派的除圣希萊爾（Saint-Hilaire）之外，還有梅克爾、戈耶塞、 繆勒、歐文（J．F．Meckel．J．W．von Goethe，J．Mü-er，R．Owen）等。在達爾文創立進化論的同時，比較解剖學受到了顯著的影響。比較解剖學的資料被理解為是表明形態系統發生發展的跡象，與比較發生學、古生物學并列，已成為進化生物學的重要組成部分。里斯克爾和戈登巴爾（E．Haeckel、K．Ge-genbaur）等是這個時期的代表學者。比較解剖學雖然主要適用于現代生物，但從廣義來說，對古生物也是適用的。