一是溯源上的差別

校準實驗室所進行的校準和測量應可溯源到國際單位制(SI)，對不能嚴格按照SI單位進行溯源的，應通過建立對適當測量標準的溯源來提供測量的可信度。對檢測實驗室，可以依據設備校準分量對總的不確定度貢獻的大小來衡量設備的校準溯源要求。當檢測設備校準的不確定度分量對檢測結果的總的不確定度的貢獻不能忽略時，應遵循校準實驗室的規定，確保提供所用設備所需的測量不確定度。

二是分包上的差別

檢測實驗室在向客戶出具檢測報告時，只需在檢測報告中注明某項數據由某分包機構檢出，分包方的檢測報告不交付客戶，而是由發包方保存，最終客戶得到的是一張證書/報告。而校準不同，校準實驗室不保存分包方的證書/報告，必須將分包方提供的校準證書/報告交付客戶，這樣客戶得到的是兩份證書/報告。

三是對測量設備的要求不同

由于校準實驗室和檢測實驗室在溯源等級圖中的地位不同，校準用測量設備是承擔量值傳遞的社會公用計量標準的組成部分，因此校準實驗室對測量設備的控制更為嚴格，如《認可準則》規定了校準實驗室應對實驗室的參考標準、基準、傳遞標準或工作標準以及標準物質進行核查。

四是證書/報告上的差別。