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1進出口食品檢驗檢疫監管體系不夠完善
一是監管部門沒有對監管給予足夠的重視，還是把重心更多的放在了檢驗上面。重檢驗輕監管現象突出，批批檢驗依然盛行。監管做為檢驗檢疫的前序工作，它開展效果的好壞直接影響到其后的檢驗工作，不可謂不重要。
二是現今監管部門內部之間的協調程度還很低，沒有能形成很好的合力，措施也不夠科學有效，缺乏針對性。部門之間的銜接存在許多問題，導致部門之間沖突，這就造成監管環節的重疊或空白。各部門之間是橫向的關系，各監管部門相對獨立，相互間沒有隸屬或監督關系，這對食品安全監管也不利。涉及部門過多，相關具體標準和法規在制定上也不夠協調和系統，以致在部門利益的驅動下，各自理解執行，爭權奪利的現象時有發生
。
三是地方政府對進出口食品安全的統一領導協調不力。由于檢驗檢疫屬垂直管理部
門，與地方政府、相關部門缺少有效的溝通途徑，許多進出口食品安全工作在某種程度上得不到地方政府的足夠重視和相關部門的大力支持，導致問題得不到及時解決。
2主動預防食品安全質量事件發生的能力不足
隨著食品進出口量的不斷擴大和國外要求項目不斷增加，檢驗檢疫工作量大幅增加，傳統的批批檢、項項檢模式已不能適應外貿發展的需要，面對這樣的困境，這對我國出入境部門預防進出口食品安全的能力是個極大的挑戰。在突如其來的食品安全事件發生時由于經驗還是有所欠缺而常常處于“被動應付”，對一些食品安全事件發生還難以做到及早發現和消除隱患，國外通報仍常有發生。另一方面，我國出口食品受到農獸藥殘留、毒素、微生物以及添加劑等影響，出口食品安全問題屢見不鮮，從而導致我國食品的國際聲譽受到影響。
3進出口食品企業的質量主體缺失
檢驗檢疫人員承擔了一些本屬于企業的責任。部分進出口食品企業質量安全意識淡薄，不知標準、不懂標準或不用標準，自檢、自控水平不高，對國內外尤其是國外的相關安全衛生標準缺乏了解。同時，內部產品質量控制體系不健全，如沒有切實落實產品質量首責，源頭問題依然較為突出，產品質量難以保障。部分出口企業甚至通過報甲出乙、擅自更改目的地等手段，將未經檢驗檢疫合格的食品出口，現已成為不合格食品流出國門的重要渠道。更嚴重的個別企業則唯利是圖、社會責任缺失，違例使用國家禁止使用的物品、濫用準許使用的藥品、使用非食品添加劑等。這些都沒有切實落實產品質量安全主體責任人的責任。
4檢驗檢疫部門現有人員、技術難以滿足工作需要
為確保出口產品質量安全，擴大產品出口，在嚴峻的形勢下，檢驗檢疫部門深入種植、養殖源頭，實施備案監督管理，檢驗檢疫人員除了要對出口企業加工過程進行監管外，還要對種植、養殖、飼料、藥物進行監管，不僅需要大量人力、物力，而且對監管人員的能力也提出了更高要求，實際難以監管到位。而隨著食品進出口數量的增加，檢驗檢疫部門工作量大幅增加，將導致人力不足，而未能及早發現食品安全事件，只能是出現問題后被動應付。與此同時，因檢驗檢疫部門往往需要參與源頭管理，對加工過程的監管力度有不斷弱化跡象，那么在人員、檢測技術上已難以滿足無限延伸的工作需要。
從另一個角度來看，檢驗檢疫部門是由于承擔了過多不必要的職責，才導致檢驗檢疫部門人員、技術難以滿足工作需要。特別是在當前我國初級農產品生產整體水平較低，而相關職能部門又沒有主動承擔起初級農產品生產環節的監管責任，總是在檢驗檢疫部門的推動下開展工作，而為了解決制約當前食品、農產品出口農獸藥殘留瓶頸問題，檢驗檢疫部門往往存在過多參與源頭管理，包攬原料質量安全責任的情況。
5技術法規和標準滯后
建立在科學和風險分析基礎上的食品安全標準體系，是實施進出口食品安全管理工作、促進國際食品貿易發展的技術基礎和保障。我國的食品質量安全標準由產品質量標準、技術標準和基礎標準組成，以法律和管理條例的形式發布的，在促進食品工業的發展
和保護消費者健康方面發揮了巨大作用。但隨著社會的發展變化，也暴露出了越來越大的漏洞，表現為： （1） 食品質量標準重疊、混亂，缺乏權威。我國有關食品的標準制定有若干套體系。衛生部門制定衛生標準，質檢部門負責制定產品質量標準和所有標準的審批，各行業主管部門也有權制定本行業的標準。生產者是否執行標準，行業主管部門、質量部門、衛生部門往往都要監督。關于食品安全問題，國內的法規有很多出發點不同，標準也不同。（2） 食品質量標準與國際標準接軌不夠，許多有關食品安全的標準標齡過長，缺乏科學性和可操作性，在技術內容方面與WTO 有關協定和食品法典委員會（AC） 標準存在較大差距。發達國家采用國際標準已達到80%以上，日本達90%以上，我國的國家標準只有40 %左右等同采用或等效采用了國際標準，食品行業國家標準的采標率只有20 %。近年來，我國出口食品屢屢被退回，其中有技術貿易壁壘的原因，但更深層次的原因還是我國的食品質量安全達不到國際標準。（3） 食品質量安全標準存在許多空白點，不能適應迅速發展的食品產業。在目前我國頒布的兩萬多項國家標準中，農業方面的標準只占10 %左右。以蔬菜為例，從蔬菜商品標準化和蔬菜流通現代化來講，凡是進入市場的各種蔬菜都應納入制定標準的范圍，但是，在我國常用的12大類89 種蔬菜中，制定出新鮮蔬菜質量標準的卻不足20 種，至于采納國際標準的更是鳳毛麟角。此外，在老百姓特別關注的常用食品質量問題，如肉制品、豆制品、面制品、水產品等方面還存在空白。 
