在HACCP的運用過程中，使用微生物標準，是進行關鍵控制監測最有效的方法。關鍵控制點監測也可用物理、化學及感官評估等方法來完成。

    1、危害分析

    要從原料的生產、加工工藝步驟以及銷售和消費的每個環節可能出現的多種危害（包括物理、化學及微生物的危害）進行確定，并評價其相對的危害性，提出預防的措施。

    2、關鍵控制點（CCPS）的確定

    關鍵控制點是指那些若控制不力就會影響產品的質量，從而危害消費者身體健康的環節。一般說來，關鍵控制點要少于6個。一旦被確定為關鍵控制點則都要照例進行監測。所以說，關鍵控制點的選擇是HACCP系統的主要部分。

    3、設定管制CCPS的標準

    對已經確定的每一個CCPS，都必須制訂出相應的管制標準和適當的檢測方法。經常管制的標準包括：時間、溫度、水份活度（a.）、PH值、可滴定酸鹽的濃度、防腐劑含量、有機氯濃度等。

    4、標準設定后，每一個CCPS都必須進行例行監測，以確保每一環節都維持在適當的管制狀態下。每次CCPS檢測的結果都要進行認真記錄、存檔，便于今后對可能出現的事故進行分析鑒定。

    5、CCPS修正計劃

    當發現某一個CCPS超出管制標準，應有臨時性修正計劃，該計劃包括如何使CCPS回復到再管制狀態以及建議在CCPS超出管制標準期間所生產的產品如何處理。

    6、HACCP系統有效性確認

    HACCP系統有效性確認是通過對最終產品進行微生物、物理、化學及感官檢測來完成的。特別是微生物檢測是最為有效的確認指標，但微生物檢測法通常不直接用來檢測CCPS。有效性確認可以是廠家自查或請政府檢測機構來完成。

    作用： 運用HACCP可以系統地對水產品生產、流通和消費中的危害及風險進行分析。在水產品的生產初期應用HACCP，可以對一些特別的危害和控制措施進行識別，當產品的安全控制與生產加工過程溶為一體時，可以減少對最終產品的測試，資源得到有效利用。HACCP的原則應該貫徹于魚從養殖場到餐桌的食品安全過程中，從而提高消費者對養殖產品的信任度。

    HACCP體系在水產品中的運用已在國際上得到重視。歐盟和北美已強制實行HACCP。美國FDA（1994）證實，在美國的水產品加工方面，因為HACCP的運用，已經防止了大約20%～60%由水產品攜帶的各種疾病。一些國際組織提倡協調執行HACCP。不采用或不執行HACCP的國家最終將失去水產品的出口貿易，由此帶來的經濟損失將是巨大的。