各地質量技術監督部門在實施食品生產許可證制度的同時，要建立企業質量檔案。企業檔案包括企業名稱和地址、企業代碼（組織機構代碼）、營業執照編號、《食品生產許可證》編號、企業法人和質量負責人姓名、身份證號碼及其聯系方法、企業經濟類型、企業規模、企業人數、生產能力、實際產量、產品種類、執行和免疫產品情況、質量違法行為查處情況、質量投訴及處理情況等信息。國家質檢總局將統一規范企業質量檔案的內容、統計匯總方法，制定全國統一的計算機管理軟件。