微波對食品具有熱效應和非熱效應的雙重作用。微波熱效應機理是：生物細胞是由水、蛋白質、核酸、碳水化合物、脂肪和有機物等復雜化合物構成的一種凝聚態介質。該介質在強微波場的作用下，溫度升高。溫度升高的結果是，食品內部的水分溫度同時升高而蒸發得到烘干或烘烤，細菌在熱力的作用下得到消滅。另一方面，在微波的作用下，食品分子的空間結構發生了變化或破壞，細菌的蛋白質溶解度、粘度、膨脹性、穩定性都受到破壞，從而失去生物活性。
　　
　   微波干果干燥技術原理：
　　
　　一、微波焙烤的同時，伴隨殺菌效應。微波殺菌是在微波的熱效應和非熱效應的雙重作用下進行的，相比常規的溫度殺菌能在較低的溫度和很短的時間內獲得滿意的殺菌作用。一般的殺菌溫度在80℃左右，處理時間在3~5分鐘，且能最大限度的保持其營養成分。
　　
　　二、使用操作方便。微波功率和傳送帶速度均可無級調節，不存在熱慣性，可即開即停，簡單易控。改善生產環境。微波設備無余熱輻射、無粉塵、無噪音、無污染，易于實現食品衛生的檢測標準。
　　
　　三、低溫殺菌、營養成分損失少。微波殺菌是在微波的熱效應和非熱效應的雙重作用下進行的，相比常規的溫度殺菌能在較低的溫度和很短的時間內獲得滿意的殺菌作用。一般的殺菌溫度在80℃左右，處理時間在3~5分鐘，且能最大限度的保持其營養成分。并且不影響原有風味，是果蔬食品深加工，獲得綠色食品的良好手段。