根部病蟲害主要有孢囊線蟲病、根腐病、根潛蠅、黑絨金龜甲、地老虎。
    防治方法：
　　1.農藝措施：①搞好大豆品種更換，避免長期種植單一品種，提高大豆自身的抗病，耐蟲能力。②提倡機械化選種，以清除病粒、蟲食粒、雜草籽、雜質，減少病蟲侵害機會。③適期播種，依據各地病蟲害發生情況；采取早播或延后播種的方法達到躲病避蟲的目的。④及早耕翻，精細整地，盡量清除病殘體，減少害蟲越冬機率。
    2.化學防治：①對孢囊線蟲和根蛆重的地塊采取5%甲拌磷(Ⅱ)，配合“三壟栽培”播種方式隨種肥下地；還可采用種衣劑，按藥：種為1：75比例包衣。35%甲基硫環磷、35%乙基硫環磷，按種子量0.5%拌種，其中應用5%甲拌磷還可兼治二條葉甲、薊馬、紅蜘蛛等苗期害蟲。大豆黑絨金龜甲、地老虎亦可應用上述方法。⑧在根腐病重的地塊，采和50%多福合劑，按種子量0.5%拌種。②在根部病蟲害混發區，可采取殺蟲劑、殺菌劑混合拌種。
    大豆重迎茬生育期間的病蟲害主要有大豆霜霉病、大豆灰斑病、大豆食心蟲。
    防治措施：
　　1.農業防治：在大豆生育期內搞好中耕，促進新生根的大量形成，破壞病原菌生存環境。加強大豆生育期問病蟲害預測預報工作，準確及時地確定防治期，進行有效防治；
    2.藥劑防治：①在大豆霜霉病重的地塊，采用50%福美雙按種子量的0.5%拌種。發病初期可噴75%百菌清可濕性粉劑或25%瑞毒霉可濕性粉劑，每畝l00-125克兌水噴霧，每7-lO天噴1次，一般需2次；②大豆灰斑病發生地塊采取50%多菌靈可濕性粉劑噴霧；③大豆食心蟲防治，在封壟好的地塊采用敵敵畏熏蒸法或5%甲拌磷撤施法。具體方法：用玉米稈制成毒棍，每6壟插l行，每6米遠插l枝，每畝插30枝，藥效可保持7天左右。撤施甲拌磷每隔6壟撤施1壟。在封壟差的地塊，可采用菊酯類農藥噴霧方法防治；④在病蟲害混發區可采用殺蟲劑、殺菌劑配合使用。