雖然功能性載體可以直接的與基體化合物連接, 為了提高反應效率和剪切的容易程度, 一個連接分子被插入在載體和基體分子之間. 連接分子應該被定量的裝載在載體上, 而且在反應期間直到最后化合物被切下都是穩定的. 連接分子可以分類為保護基團型, 無痕型, 環化型, 安全-捕捉型和光活化型.

編碼或解碼聽起來好像是間諜片中的術語. 在文庫操作中, 編碼/解碼是非常有用的, 甚至可以說是核心部分. 最簡單的方法是把一個空間地址賦予96個表面皿或芯片上的單個化合物. 篩選結果將會直接的給出位置數據, 然后轉換為化合物標記.
混合-裂分方法對于增大文庫體積是非常有用的. 在單珠單化合物方法中, 每個樹脂珠都攜帶文庫化合物和編碼分子. 篩選過程將會挑選出要選擇的珠子, 而且讀出編碼分子進而識別文庫化合物. 肽或核苷由于其序列分析技術幾十年來的發展變得較為成熟而首先被引入作為編碼分子. 核苷甚至可以通過PCR技術來擴增. Still教授發展了一種新的方法采用色譜活性化合物作編碼分子, 這些分子可以通過氣相色譜.進行分析.
盡管單珠單化合物方法非常誘人, 從單個珠子上獲得的化合物數量是有限的(<1 nmol). 為了能夠增加化合物的數量IRORI Inc.發展了包含樹脂和微波芯片的反應罐. 微波芯片包含了所有的反應信息, 這些信息可以用電子閱讀器閱讀. 所以這種技術可以稱為單罐單化合物方法.

即使沒有化學編碼過程, 如果可以監測反應并能識別文庫化合物的標記, 那也將是非常方便的. 盡管現在發展的還不完善, 已經有幾種光譜方法可以應用, 這包括質譜, IR, 和NMR.