鋪板
鋪板用的勻漿不宜過稠或過稀：過稠，板容易出現拖動或停頓造成的層紋；過稀，水蒸發后，板表面較粗糙。勻漿配比一般是硅膠G:水=1：2～3，硅膠G:羧甲基纖維素鈉水溶液=1:2。研磨勻漿的時間，根據經驗來定，與空氣濕度有關，一般通過拿起研棒時勻漿下滴的情況來判斷，越稠越難下滴。勻漿的稀稠除影響板的平滑外，也影響板涂層的厚度，進一步影響上樣量。涂層薄，點樣易過載；涂層厚，顯色不那么明顯。通常，板的質量對薄層鑒別的影響不是很大，影響最大的是展開劑的配制和展開系統的飽和。
點樣
盡量用小的點樣管。如果有足夠的耐性，最好只用1微升的點樣管。這樣，點的斑點較小，展開的色譜圖分離度好，顏色分明。樣品溶液的含水量越小越好，樣品溶液含水量大，點樣斑點擴散大。樣品溶液的溶劑一般是無水乙醇、甲醇、氯仿、乙酸乙酯。點好樣的薄層板用電吹風的熱風吹干或放入干燥器里晾干。
展開劑配制
選擇合適的量器把各組成溶劑移入分液漏斗，強烈振搖使混合液充分混勻，放置，如果分層，取用體積大的一層作為展開劑。絕對不應該把各組成溶液倒入展開缸，振搖展開缸來配制展開劑。混合不均勻和沒有分液的展開劑，會造成層析的完全失敗。各組成溶劑的比例準確度對不同的分析任務有不同的要求，盡量達到實驗室儀器的最高精確度，比如：取1ml的溶劑，應使用1ml的單標移液管，移液管應符合計量認證要求，盡管多數時候這不是必須的。
展開系統的飽和
一般使用的是雙槽的展開缸，一槽用來放展開劑，另一槽可加入氨水或硫酸。把待展開的板放入兩槽間的平臺，斜架著，蓋上展開缸的蓋子。讓展開劑的蒸氣充滿展開缸，并使薄層板吸附蒸氣達到飽和，防止邊沿效應，飽和時間在半個小時左右。展開時難免要打開蓋子把薄層板放入展開劑中，不過對薄層板與蒸氣的吸附平衡影響不大，當然動作應該盡量輕、快。
溫濕度的控制
溫濕度對薄層影響都很大。不凍結的前提下，通常溫度越低分離越好，較難的分離需在低溫下分離，例如人參皂苷。濕度的影響，估計主要是影響薄層板的吸附能力，導致選擇性（容量因子）的變化，濕度應根據實際情況確定。溫度控制使用空調器或冰柜，濕度控制是通過在另一展開槽放置相應濃度的硫酸。
顯色
噴顯色劑顯色最重要是有好的霧化器。
