1 能量傳遞法：Heller等設計用兩個緊接的探針，一個探針的一端用化學發光基團（供體）標記，另一個探針的一端用熒光物質標記，并且這兩個探針靠得很近。兩個靠得很近的探針用不同的物質標記（標記光發射），當探針與特異的靶雜交后，這些標記物靠得很近。一種標記物發射的光被另一種標記物吸收，并重新發出不同波長的光，調節　檢測器使自動記錄第二次發射光的波長。只有在兩個探針分子靠得近時，才能產生受激發光，因此這種方法具有較好的特異性。
　2 吖啶翁酯標記法：吖啶翁酯標記探針與靶核酸雜交后，未雜交的標記探針分子上的吖啶翁酯可以用專門的方法選擇性除去，所以雜交探針的化學發光是與靶核酸的量成比例的。該法的缺點是檢測的敏感度低（約1ng的靶核酸），僅適用于檢測擴增的靶序列，如rRNA或PCR擴增產物。