用放射性同位素或非放射性化學物質標記探針(待克隆的基因或cDNA的一段同源序列)，同文庫的細菌克隆或噬菌斑作核酸分子雜交，經放射自顯影或顯色反應后，可以篩選出含有同探針互補序列的細菌克隆或噬菌斑，然后分析這些重組載體中所插入的DNA片段或cDNA，最后分離出所要的基因或cDNA。 在克隆cDNA時，還可應用噬菌體載體λgtll構建cDNA文庫，這種載體可使插入的cDNA分子翻譯產生蛋白質。此時，可用某一蛋白質免疫動物得到抗體并標記上同位素或化學物質后用作探針，即用蛋白質作為探針去篩查cDNA文庫，如果這種抗體能同cDNA文庫中某個噬菌斑產生抗原—抗體結合反應，則這個噬菌體載體中插入的cDNA所編碼的就是用作抗原去免疫動物的蛋白質，也就是探針探查的目的基因。