中性突變是指這種突變對生物體的生存既沒有好處，也沒有海處，就是說，對生物的生殖力和生活力，即適合度沒有影響，因而自然選擇對他們不起作用。1968年日本人木村資生（M. Kimura）,根據分子生物學的研究，主要是根據核酸、蛋白質中的核苷酸及氨基酸的置換速率，以及這些置換所造成的核酸及蛋白質分子的改變并不影響生物大分子的功能等事實，提出了分子進化中性學說（Natural Theory of Molecular Evolution）。1969年美國人J.L. King和T. H. Jukes用大量的分子生物學資料進一步充實了這一學說。這一學說認為多數或絕大多數突變都是中性的。即無所謂有利或不利，因此對于這些中性突變不會發生自然選擇與適者生存的情況。生物的進化主要是中性突變在自然群體中進行隨機的“遺傳漂變”的結果，而與選擇無關。這是中性學說和達爾文進化論的不同之處。